Trešais pagalms
No Felicity nojumes vārti ved uz trešo pagalmu jeb iekšējo pagalmu, kurā atradās sultāna privātā dzīvesvieta un pils iekšējā skola. Tajā varēja iekļūt tikai sultāns, viņa ģimenes locekļi, viņa kalpi un neregulārais apstiprinātais apmeklētājs. Sultāna apmeklētāji varēja nokļūt tikai Auditorijas palātā un tika sagaidīts, ka viņi ievēros stingras paražas. Viņi nevarēja sazināties ar acīm vai runāt tieši ar sultānu, bet tā vietā nolaida galvu, met acis uz leju un runāja ar sultāna tulku.
Pirms Murads III pārcēla savu rezidenci uz harēmu 16. gadsimtā, sultāna dzīvokļi atradās trešajā pagalmā ēkā, kuru bieži sauca par Svēto relikviju palātu. Nosaukums cēlies no tās nozīmes kā islāma relikviju, tostarp pravieša Muhameda mantijas, zobena un priekšgala, glabātuve, un tie visi tika iegūti, kad Selims I 1517. gadā iekaroja Mamlūk dinastiju Ēģiptē, nododot kalifātu osmaņiem.
Trešajā pagalmā atrodas arī karalisko lapu kopmītnes, kas bija daļa no sultāna kalpu hierarhijas. Lielākā lappuse tika vervēta kā zēni no iekarotajām kristiešu populācijām, izmantojot devşirme sistēmu, kurā zēni tika noņemti no viņu ģimenēm kā nodokļu vai cieņas apliecinājums. Pēc jaunu vārdu saņemšanas un pārveidošanas par islāmu, gaišākajiem zēniem tika piešķirtas īpašas lomas un viņi nopelnīja stingru izglītību, nopelnot algu. Viņi sekoja meritokrātijai un varēja sasniegt tik augstus amatus kā grand vizieris, bet daudzi vīrieši tika atbrīvoti 25 gadu vecumā un apprecējās ar harēma meiteni vai sultāna meitu. Karalisko lapu kopmītnēs tagad atrodas imperatora kolekciju daļas. Piemēram, sultānu portreti atrodas Privātās palātas kopmītnē, bet imperatora garderobe - Kampaņu kopmītnē. Daudzi no abiem kolekcijas objektiem demonstrē pils amatnieku prasmes, kā arī tehnikas un modes izmaiņas. Skatītāji var redzēt ievērojamo ģērbšanās maiņu 19. gadsimtā, piemēram, caur skapi un portretu kolekciju, kad Eiropas militārais tērps aizstāja sultāna kaftānu un fez aizstāja turbānu.
Viena no pils slavenākajām kolekcijām ir imperatora dārglietas, kas izvietoti Iekarotāja paviljonā, arī trešajā pagalmā. Saimniecībās ietilpst tā dēvētais Spoonmaker's Diamond, kas ir viens no lielākajiem grieztajiem dimantiem pasaulē, un smaragds Topkapı Dagger, kura intrigas tika pakļautas 1964. gada kaperu filmai Topkapi. Tāpat kā citas muzeja kolekcijas daļas, dārgakmeņu kolekcija apliecina uz Osmaņu impērijas lielo bagātību.
Trešā pagalma centru aizņem sultāna Ahmeda III bibliotēka, kas bagātīgi izrotāta tāpat kā daudzas pils ēkas ar krāsotām flīzēm, vitrāžām un slēģiem ar perlamutra un ziloņkaula inkrustāciju. Grāmatu kolekcija 20. gadsimtā tika apvienota ar citām pils grāmatām un tika pārvietota uz Aghas mošeju, kas ir lielākā pils mošeja un atrodas blakus. Topkapı pils kolekcijā ir reti sastopami manuskripti, ilustrēti sējumi un Korāna agrīnās kopijas, ko visi pētnieki var aplūkot lasītavā.
Ceturtais pagalms
Trešais pagalms sniedzas līdz ceturtajam pagalmam, kuru galvenokārt veido dārzi ar terasi un paviljoni. Tajā atrodas sulīgi izrotātā Apgraizīšanas kamera, Bagdādes paviljons un Erevānas paviljons. Viena no izteiktākajām ceturtā pagalma konstrukcijām ir dīvainā apzeltītā bronzas krāsa Iftar Pergola, kur sultāni ātri sabojātos, ja vasarā nokristu Ramadan. Daudziem Osmaņu sultāniem bija interese par ziediem un dārzkopību, un ceturtā pagalma dārzi ir piepildīti ar tulpēm, tāpat kā tas būtu bijis Osmaņu valdīšanas laikā.
Harēms
Harēms bija sultāna ģimenes dzīvojamās telpas un tika stingri sadalīts pēc dzimuma. 16. gadsimtā tā kļuva arī par sultāna rezidenci, kad Muradam III tur bija uzcelti dzīvokļi. Tāpat kā pārējā pilī, harēma tika nepārtraukti atjaunota un auga pēc vajadzības. Rezultāts ir diezgan mazveidīgs izkārtojums un daudzi arhitektūras stili.
Lai iebrauktu harremā vai izietu no tā, iedzīvotājiem bija jāiet cauri melno einuhu bruģētam pagalmam uz Galvenajiem vārtiem, ko sauc arī par Karaliskajiem vārtiem. Melnie einuhāti sargāja harēmu un, iespējams, tika iegādāti vergu tirgos iekarotajās zemēs un kastrēti pirms pubertātes.Līdzīgi karaliskajām lappusēm einuhs saņēma algu un sekoja meritokrātijai, taču atšķirībā no lappusēm tikai daži einuhi tika atbrīvoti. Viņu dzīvojamās telpas, kā arī Valsts kases palāta un Prinču skola apņēma šo pagalmu.
Aiz galvenajiem vārtiem atrodas Karalienes Mātes bruģēts pagalms, harēms ir lielākais un centrālākais pagalms. Karalienes māte bija varas centrs harēmā. Sauktā par validīgo sultānu, viņa bija galvenā konsistācija, kuras dēls bija uzkāpis tronī. Viņai bija arī būtiska ietekme uz sultānu, kurš katru rītu apstāsies viņas centrālajos dzīvokļos, lai informētu viņu par valsts lietām.
Sultāna dzīvokļi tika savienoti ar karalienes māti caur balti marmora dubultā hammam, turku pirti. Viena hammam puse bija paredzēta sultānam, bet otra - harēma sievietēm. Pārējā sultāna dzīvesvietā ietilpst troņa zāle un trīs privāto palātas. Murada III privilēģiju istaba ir vecākā un vislabāk pārdzīvojušā ēka harēmā, un to projektējis viens no Osmaņu impērijas slavenākajiem arhitektiem Sinans. Kvadrātu telpa ir īpaši izrotāta ar İznik flīzēm un kaligrāfijas stāstiem, kas atstāj Korāna pantus. Vēl vienu privātu istabu, ko sauc par Augļu istabu, pievienoja Ahmeds III, un tā neraksturīgi ir dekorēta ar smalki lakotiem augļiem un ziediem.
Arī sultāna dēli, meitas, brāļi un māsas dzīvoja harēmā un aizņēma vienu no harēma simtiem istabu. Piemēram, Dvīņu paviljoni, iespējams, bija sultāna dēlu dzīvesvietas, sākot ar 18. gadsimtu.
Harēmā bija arī kalpotāju, konkubīņu un sultāna galveno konsistoru dzīvesvietas, un telpas bija pieejamas caur konkubīņu galeriju no galvenajiem vārtiem. Daudzas no šīm sievietēm ieradās kā dāvanas vai pirkumi no vergu tirgus, kad viņas bija jaunas meitenes, un, tāpat kā pārējie pils kalpi, viņi sekoja nopelniem. Viņi veica kalpojošus uzdevumus, saņemot algu un apmācību, lai vai nu kļūtu par sievu kādā no lappusēm, vai arī par sultānu sultānam. Ja jaunu sievieti izvēlas kļūt par konkubīnu, jauna sieviete varētu pacelties rindās un saņemt labākas naktsmājas, it īpaši, ja viņa dzemdētu sultānam bērnu. Ja bērns bija vīrietis, kurš uzkāpa tronī, tad konkubāns tad ieņems visspēcīgāko harēma pozīciju kā karalienes māte. Lielākā daļa harēma meiteņu tomēr tika atbrīvotas 16 vai 17 gadu vecumā un apprecējās pēc apmācības.
