Apstrīdētās 2010. gada prezidenta vēlēšanas
Civilā konflikta un tā izraisīto seku dēļ 2005. gadā plānotās prezidenta vēlēšanas vairākos nākamajos gados tika atkārtoti atliktas. Kad beidzot notika pirmā vēlēšanu kārta, 2010. gada 31. oktobrī Ouattara bija RDR kandidāte. Viņš ieguva 32 procentus balsu, otrajā vietā atpaliekot no Gbagbo, kurš ieguva 38 procentus, un divi viņi aizkļuva līdz otrajai balsošanas kārtai, kas notika 28. novembrī. Valsts vēlēšanu komisija 2010. gada 2. decembrī paziņoja, ka Ouattara uzvarēja vēlēšanās ar 54 procentiem balsu, bet nākamajā dienā Satversmes padome atsaucās uz tās teikto, kas liecināja par daudziem pārkāpumiem, un noraidīja daļu rezultātu. Pēc tam Gbagbo tika atzīts par uzvarētāju ar 51 procentu balsu.
Lielāko daļu starptautiskās sabiedrības, ieskaitot ANO, kura apstiprināja sākotnējos rezultātus, Ouattara uzskatīja par likumīgo uzvarētāju, un viņam bija nemiernieku karaspēks, kas kontrolēja valsts ziemeļu daļu. Neskatoties uz to, Gbagbo, kuru atbalstīja valsts militārie un augstākie valdības līmeņi, tika zvērināts vēl uz vienu prezidenta termiņu. Tikmēr Ouattara bija pati zvērējusi par prezidentu un izveidoja paralēlu valdību, kas atradās Abidžana viesnīcā ANO miera uzturēšanas spēku aizsardzībā. Politiskā nostādne izraisīja bailes, ka valsts atkal varētu nonākt civilā konfliktā, un Āfrikas Savienība mēģināja būt par starpnieku. Neskatoties uz to, pārtraukšana turpinājās vairākus mēnešus un kļuva vardarbīga, jo palielinājās cīņa starp spēkiem, kuri bija uzticīgi Gbagbo, un tiem, kas atbalstīja Ouattara, radot krīzi ar politisko, ekonomisko un humāno dimensiju, kas turpinājās pat pēc Gbagbo aresta 2011. gada 11. aprīlī., un tika noņemts no strāvas. (Lai iegūtu sīkāku informāciju, skat. Kotdivuāru: Apstrīdētās 2010. gada vēlēšanas un ieilgušās politiskās nostājas.)
Gbagbo arests novērsa visvienkāršāko Ouattara prezidentūras izaicinājumu. Pēc tam Ouattara varēja ķerties pie sarežģītajiem uzdevumiem - atjaunot ekonomisko stabilitāti, mazināt humāno krīzi un atkalapvienot valsti, kura bija sašķelta kopš 2002. – 2003. Gada pilsoņu kara. Viņam vajadzēja arī veicināt izlīgumu starp Gbagbo atbalstītājiem un savējiem. Šajā nolūkā Ouattara aicināja pārtraukt kaujas un apsolīja izveidot patiesības un samierināšanas komisiju, lai izmeklētu noziedzīgas darbības un cilvēktiesību pārkāpumus, kurus, iespējams, ir izdarījušas abas puses; vēlāk viņš pieprasīja, lai Starptautiskā krimināltiesa izmeklētu arī vardarbību pēc postcelcijas. 2011. gada maijā Konstitucionālā padome atcēla savu 2010. gada decembra lēmumu un atzina Ouattara par prezidenta vēlēšanu uzvarētāju. Viņu oficiāli nodeva zvērināti 6. maijā ar publisku inaugurāciju un svinībām 21. maijā.
Būdams prezidents, Ouattara spēja veicināt iespaidīgu valsts ekonomikas atveseļošanos, lai gan daži Ivīrijas iedzīvotāji sūdzējās, ka ekonomiskais progress nav sasniedzis pietiekami tālu, lai palīdzētu mazināt nabadzību. Tika kritizēts arī tas, ka, neraugoties uz iepriekšējiem solījumiem, Ouattara vēl nebija izdarījis pietiekami, lai risinātu vajadzību pēc izlīguma un taisnīguma pēc 2010. gada vēlēšanu krīzes. Tomēr Ouattara bija priekšgals 2015. gada 25. oktobra prezidenta vēlēšanās. Lai gan daži opozīcijas kandidāti bija izstājušies no vēlēšanām un aicināja boikotēt, izrādījās vairāk nekā 50 procenti vēlētāju, un Ouattara tika pārvēlēta ar gandrīz 84 procentiem balsu.
