Astoņdesmitajos un deviņdesmitajos gados Siksta kapelai tika veikta ilga un izsmalcināta restaurācijas shēma, kuru sponsorēja Japānas televīzijas korporācija un kuru veica labākie Itālijas un starptautiskie eksperti. Tīrīšana no freskām noņemja gadsimtiem ilgu netīrumu, putekļu un sveču dūmus un atklāja negaidīti spožas krāsas, kas daļēji ir pretrunā ar Mikelandželo šedevra atzītajām skulpturālajām īpašībām. Sīvas diskusijas, iesaistot virkni restauratoru, mākslas vēsturnieku un saistīto jomu ekspertus, apņēma projektu no paša sākuma. Debašu centrā bija viens svarīgs jautājums: vai Mikelandželo, ievērojot mūsdienu fresku gleznotāju veidus, pēc ģipša nožūšanas pārveidoja savu gatavo fresku ar secco (sausu) krāsu? (Freskas gleznotāji to parasti darīja kā līdzekli kļūdu labošanai, darbu uzlabošanai un tādu pigmentu pielietošanai, kas nespēja panest saskari ar ūdeni.) Ja tas tā būtu, vai restauratori, ja katrs slānis tiktu noņemts līdz freskotajam apmetumam, būtu sagrozījuši mākslinieka nodomus ? Šādā gadījumā restauratoru noņemtā ēnošana, labojumi un līmes šķiet iepriekšējo atjaunošanas kampaņu rezultāts. Lai gan Siksta kapelas atjaunošanas strīdi joprojām tiek apspriesti, mākslas konservatori vairs neuzskata, ka tas ir jautājums.
