19. gadsimta beigās Eiropas lielvaras centās paplašināt kontroli pār iekšzemi no piekrastes teritorijām, kuras tās iepriekš bija sagrābušas Centrālāfrikā. Beļģijas karaļa Leopolda II kontrolējošā ietekmē tika izveidota asociācija Internationale Africaine, kas 1885. gadā pasludināja Kongo neatkarīgo valsti (vai Kongo brīvvalsti). Tās karogs, kas datēts ar 1877. gadu, bija zils ar zelta zvaigzni, kas simbolizē spīdoša gaisma “Tumšajā kontinentā”. Amerikas Savienotās Valstis bija pirmās, kas atzina valsti un tās karogu. 1960. gada 30. jūnijā tās pēctece (Beļģijas Kongo) kļuva par neatkarīgu valsti, un gar karoga pacēlāju tika pievienotas sešas dzeltenās zvaigznes, kas pārstāvēja sešas provinces. Kad 1963. gadā tika mainīts provinču skaits, pirmais karogs tika aizstāts ar vienu ar dzeltenu malu sarkanu diagonālu svītru un pacēlāja augšējā stūrī lielāku dzeltenu zvaigzni (karoga dizains nedaudz tika mainīts 1966. gadā).
1971. gadā prezidents Mobutu Sese Seko mainīja valsts nosaukumu uz Zairas Republiku un izveidoja jaunu valsts karogu - zaļu lauku, uz kura bija dzeltens disks ar roku un kabatas lukturīti. Mobutu režīmu 1997. gadā gāza revolucionāra koalīcija neatkarīgā Kongo pirmā premjerministra Patrice Lumumba cienītāja Laurent Kabila vadībā. Kabila no 1997. gada 17. maija lika Lumumba karogam aizstāt Zairas karogu. Nesen atjaunotais dizains tā simbolikā vairs neatbilda administratīvajai realitātei, jo tam bija sešas zvaigznes un valstij bija astoņas provinces. Neskatoties uz to, tas atgādināja Kongo par viņu sākotnējo cerību un principu atjaunošanu no neatkarības laika 1960. gadā.
Kabila dēls Džozefs kļuva par prezidentu pēc tēva slepkavības 2001. gadā. Pēc tam, kad jaunākais Kabila bija ieviesis valstī stabilitātes pakāpi, viņš 2006. gada 18. februārī pasludināja valsts “Trešo republiku”. Valsts karogs atkal bija no 1963. līdz 66. gadam. kļuva oficiāla, kaut arī lauks bija gaišākā zilā nokrāsa.
