Karogu 1967. gadā pieņēma Teritoriālā padome. Tā nevienādās vertikālās svītras tiek sauktas par “Kanādas bālām”, jo tās atbilst Kanādas valsts karoga joslām. (Heraldikā bāla ir vairoga centrālā vertikālā josla, kas parasti aptver vienu trešdaļu vai mazāk no platības.) Zaļā josla Jukonas karogā ir paredzēta teritorijas mežiem, bet zila ir upēm un ezeriem; balts ir paredzēts Arktikas sniegam. Centrālā emblēma ir oficiālais Jukonas ģerbonis, kuru teritorijai piešķīra ar karaļa orderi 1956. gada 24. februārī. Šo ģerboni izstrādāja komandieris Alans B. Beddo, savukārt karogs bija Haines krustojuma studenta Lina Lamberta kunga ideja.
Uz ģerboņa virspuses attēlots malamutu suns, kuru plaši izmantoja, lai Eiropā atvērtu ar minerāliem bagāto Jukonas teritoriju. Viļņotā vertikālā josla uz vairoga apzīmē Jukonas upi, sarkanie trīsstūri norāda uz kalniem, bet zelta diski norāda uz zeltu un citiem minerāliem. Svētā Džordža krusts (Anglija), kā arī kažokādu heraldiskais simbols un teritoriālais zieds (ugunsdzēsēju plēksne) pabeidz ģerboņa dizainu.
