Pirmais patiesi nacionālais Samoa karogs, šķiet, tika pieņemts 1873. gada 2. oktobrī. Uz sarkanā fona bija balts krusts, kas stiepjas līdz karoga malām, kā arī balta zvaigzne augšējā pacēlāja stūrī. Simbolika nav zināma, bet, iespējams, krusts un zvaigzne ir attiecīgi iestājušies par kristietību un neatkarību. Ķēniņš Tamasese, dodot priekšroku vāciešiem, kuri apmeklēja šo apgabalu, vēlāk mainīja valsts karogu, uzliekot melnajam krustam virs baltā, piešķirot Samoa vācu sarkanbaltsarkanās krāsas. Šis karogs tika izmantots no 1886. līdz 1889. gadam, bet to pārtrauca lietot pēc Tamasese nāves. Amerikas Savienotās Valstis un Vācija salas sadalīja 1900. gadā un izveidoja atsevišķus protektorātus, kur vietējie karogi netika mudināti.
20. gadsimta sākumā bijušo Vācijas teritoriju pārvaldīja Jaunzēlande. Šīm salām tika izstrādāts vietējais karogs, kas atspoguļoja Jaunzēlandes karogu sarkanbalts-zilās krāsās, Dienvidu krusta zvaigznājā un lauka un kantona dizainā. Ieviests 1948. gada 26. maijā, jaunais Samojas karogs bija sarkans ar četrām baltām zvaigznēm uz zila kantona; 1949. gada 24. februārī tika pievienota piektā zvaigzne. Dienvidu krusts ir bijis populārs karoga emblēma citās dienvidu puslodes valstīs. To izmanto, piemēram, Austrālija, Jaunzēlande un Brazīlija. Samojas karogā baltā krāsa nozīmē skaidrību, zilā - brīvību un sarkanā - drosmi. Kad valsts 1962. gada 1. janvārī kļuva neatkarīga, nacionālajā karodziņā izmaiņas netika veiktas.
