Kā arhibīskaps
Gandrīz gadu pēc Teobalda nāves Kenterberijas cietums bija brīvs. Tomass apzinājās ķēniņa nodomu un mēģināja viņu atrunāt, brīdinot par to, kas notiks. Henrijs turpināja pastāvēt, un Tomass tika ievēlēts. Pēc iesvētīšanas Tomass mainīja gan savu uzskatu, gan dzīves veidu. Viņš kļuva dievbijīgs un uzcītīgs, un pārņēma pāvesta un tā kanona likuma neatņemamo programmu. Šīs iespaidīgās pārmaiņas satrauca vēsturniekus, un tika mēģināts izskaidrot vairākus skaidrojumus: ka Tomass bija apreibis ar savu vēlmi dominēt vai arī, tāpat kā iepriekš, iemeta sevi tajā daļā, kuru bija piekritis spēlēt. Vienkāršāk ir uzskatīt, ka viņš beidzot ir pieņēmis garīgās saistības, kuras viņš bija ignorējis kā kancleru, un pārvērta jaunā kanālā savu jaukto enerģiju, rakstura spēku, impulsivitāti un garastāvokli. Lielā mērā par Henrija nepatiku, viņš nekavējoties atkāpās no amata kanclera amatā, bet pieķērās archdeakonijai, līdz karalis piespieda atkāpties.
Henrijs Normandijā atradās kopš 1158. gada augusta, un pēc atgriešanās 1163. gada janvārī Tomass sāka cīņu, iebilstot pret nodokļu priekšlikumu un ekskomunicējot vadošo baronu. Nopietnāka bija viņa attieksme pret “zinošajiem ierēdņiem”. Rietumeiropā apsūdzētie garīdznieki jau sen bija baudījuši privilēģijas stāties tiesas priekšā bīskapa vietā, nevis laicīgajās tiesās, un parasti saņēma maigākus sodus, nekā to vērtētu piespiedu tiesas. Anglijā pirms Normana iekarošanas tā joprojām bija paraža. Ja garīdznieki tiek atzīti par vainīgiem baznīcas tiesā, viņus var pazemināt vai padzīt, bet viņi nav pakļauti nāvei vai sakropļojumiem. 60 gadus pēc Normana iekarošanas ir maz dzirdēts par garīdzniecības noziegumiem vai to sodīšanu, savukārt kontinentā Gregorijas reformatori mēdza uzsvērt baznīcas vienīgās tiesības mēģināt sodīt garīdzniekus lielos pasūtījumos. Tomasa nostāja, ka bīskaps var pazemot un sodīt vainīgo ierēdni, bet to nedrīkst vēlreiz sodīt ar nespeciālistu starpniecību - “nevis divreiz par vienu un to pašu vainu” - bija kanoniski strīdīga un galu galā dominēja. Henrija apgalvojums, ka garīdzniecības noziegumi ir izplatīti un ka to mudina drastisku sodu neesamība, mūsdienu lasītājiem sevi vērtē kā taisnīgu. Bet jāatceras, ka ķēniņa motīvi bija autoritāri un administratīvi, nevis apgaismoti. Neskatoties uz to, var domāt, ka Tomass šajā jautājumā bija stingri izturējies.
Jautājums tika apvienots Vestminsteras padomē (1163. Gada oktobris), bet krīze iestājās Clarendonā (Viltšīrā, 1164. Gada janvārī), kad karalis pieprasīja vispārēju piekrišanu visām tradicionālajām karaļa tiesībām, kas tika samazināts līdz rakstīšanai zem 16 galvas un pazīstams kā Clarendona konstitūcijas. Viņi apstiprināja karaļa tiesības sodīt kremļa ierēdņus, aizliedza karalisko ierēdņu ekskomunikāciju un aicinājumus uz Romu, kā arī deva karalim ieņēmumus no vakantajām redzēšanām un pilnvaras ietekmēt episkopālās vēlēšanas. Henrijs pamatoti apgalvoja, ka šīs tiesības ir izmantojis Henrijs I, bet arī Tomasam bija pamatoti apgalvot, ka tās ir pretrunā ar baznīcas likumiem. Tomass pēc mutiski pieņēmušās Klarendona konstitūcijas atcēla piekrišanu un vērsās pie pāvesta pēc tam Francijā, kurš viņu atbalstīja, vienlaikus pazeminot nogulsnes.
Strīdēties ar Henriju
Labās attiecības starp Tomasu un Henriju tagad bija beigušās; arhibīskaps tika uzaicināts uz karali uz feodālu pienākumu veikšanu. Northemptonas padomē (1164. gada 6. – 13. Oktobrī) bija skaidrs, ka Henrijs plāno sagraut un ieslodzīt vai piespiest arhibīskapa atkāpšanos. To viņu mudināja daži bīskapi, viņu vidū arī Londonas bīskaps Gilberts Foliots. Tomass aizbēga maskējies un devās patvērumā pie Luija VII no Francijas. Pāvests Aleksandrs III viņu uzņēma ar godu, bet vilcinājās rīkoties izlēmīgi viņa labā, baidoties, ka viņš varētu iemest Henriju Svētās Romas imperatora Frederika I un viņa antipopes Paschal III rokās.
Tomasa trimda ilga sešus gadus (1164. gada 2. novembris – 1170. gada 2. decembris). Viņam pievienojās daudzas viņa ievērojamās ģimenes un viņš dzīvoja askētiski, vispirms Pontigny abatijā un pēc tam, kad Henrijs draudēja ar mūki, abatijā netālu no Sens. Henrijs tikmēr bija sagrābis arhibīskapa un viņa atbalstītāju īpašumus un bija izsūtījis visus Toma tuvākos. radinieki. Turpmākajos gados tika veikti vairāki neveiksmīgi izlīguma mēģinājumi, taču jaunas karaļa naidīgas darbības un Tomasa izlikšanas paziņojumi par pretiniekiem sašutināja cīņas.
Bīskapi bija sadalīti, bet vairums no viņiem Foliota vadībā bija vai nu naidīgi noskaņoti pret Tomasu, vai arī vilcinājās viņu atbalstīt. Pāvesta legāti vairāk nekā vienu reizi centās būt starpnieki, un karalis un arhibīskaps sanāca kopā Monmirailā 1169. gadā, tikai daļēji dusmojoties. Tomass neuzticējās ķēniņam, un viņu, savukārt, ienīda. Tajā pašā gadā Henrijs izlika papildinājumus Clarendon konstitūcijai, faktiski atsaucot Angliju no pāvesta paklausības. Visbeidzot, 1170. gadā viņam bija vecākais dēls, kuru par līdz karali kronēja Jorkas arhibīskaps Bekets vecais konkurents.
Tas bija klajš pāvesta aizlieguma un Kenterberijas neatminamo tiesību kronēt karali pārkāpums. Tomass, kam sekoja pāvests, nodeva visu atbildīgo. Henrijs, baidoties no Anglijas aizlieguma, satikās ar Tomasu Frēvalkā (22. jūlijā), un tika nolemts, ka Tomasam vajadzētu atgriezties Kenterberijā un saņemt atpakaļ visu redzēto mantu. Neviena partija neatkāpās no sava amata attiecībā uz Clarendon konstitūcijām, kuras šajā gadījumā netika pieminētas. Šis “beztermiņa” konkordats ir palicis neizskaidrojams notikums. Tomass atgriezās Kantbērijā (2. decembrī) un tika uzņemts ar entuziasmu, taču turpināja naidīgo karalisko kalpu ekskomunikāciju, atteicās atcelt Jorgera un Foliota ekskomunikāciju un gatavību ļaužu pūļa uzmundrinošajai atzinībai piekrist Henrijam Normandijā.
