Filipīnu neatkarīgā baznīca, spāņu Iglesia Filipina Independiente, saukta arī par Aglipayan baznīcu, neatkarīgu baznīcu, kas tika organizēta 1902. gadā pēc Filipīnu revolūcijas 1896–98, kā protestu pret Spānijas garīdznieku kontroli pār Romas katoļu baznīcu. Baznīcas līdzstrādnieki bija Isabelo de los Reyes y Florentino, autors, darba vadītājs un senators, kurš revolūcijas laikā tika ieslodzīts par Spānijas garīdzniecības un valdības amatpersonu kritiku Filipīnās, kā arī Filipīnu Romas katoļu priesteris Gregorio Aglipay y Labayán. kuru 1899. gadā ekskomunicēja par savām darbībām revolūcijas vārdā. Aglipajs pieņēma de los Reyes lūgumu, ka viņš kalpo par jaunās baznīcas augstāko bīskapu 1903. gadā - šo amatu viņš ieņēma līdz nāvei 1940. gadā.
Baznīca turpināja ievērot Romas katoļu pielūgsmes formas, taču daudzus gadus doktrīnu spēcīgi ietekmēja unitārisms. 1946. gadā izveidojās schisms, un no baznīcas aizgāja unitāra frakcija. Jaunzēlandes Isabelo de los Reyes vadībā, kuru ievēlēja par bīskapu 1946. gadā, baznīca 1947. gadā pieņēma jaunu ticības deklarāciju un trīsvienības ticības rakstus. Protestantu bīskapa baznīca Amerikas Savienotajās Valstīs 1948. gadā iesvētīja trīs Filipīnu neatkarīgās baznīcas bīskapus, un abas baznīcas izveidojās ciešā apvienībā. 1961. gadā baznīca tika pieņemta pilnīgā kopībā ar Anglijas baznīcu un vecajām katoļu baznīcām.
20. gadsimta beigās dalībnieku skaits bija 1 400 000.
