Bijušā Lielbritānijas kolonija Seišelu salas kļuva neatkarīgas 1976. gada 29. jūnijā. Tajā laikā paceltajam karogam bija mainīgi zilā un sarkanā trīsstūri, atdalīti ar baltu diagonālo krustu. Varbūt nejauši, ka šis karogs bija gandrīz tieši tāds pats kā tas, kuru izmantoja Austrālijas apvienotā tvaika navigācijas kompānija, kuras kuģi regulāri apmeklēja salas 20. gadsimta sākumā. Karogs neturpinājās ilgi: 1977. gada 5. jūnijā Seišelu salu Tautas apvienotās partijas (SPUP) vadībā notika revolūcija. Jaunajam karodziņam bija sarkanbaltsarkani zaļas horizontālas svītras, kas atdalītas ar viļņotu baltu joslu, kas bija tāda pati kā SPUP karogs, izņemot dzeltenās saules izlaidumu centrā.
1993. gadā ārvalstu varas spiediens noveda pie valdības demokratizācijas. Valdošā partija zaudēja monopolu vēlēšanās, un citu partiju dalība valdībā izraisīja prasību pēc mazāk partizānu valsts karoga. Parlaments apstiprināja dizainu, kurā iekļautas dažādu partiju krāsas karodziņā, kurš tika pacelts 1996. gada 18. jūnijā. Karoga krāsas ir zilas (debesīm un jūrai), dzeltenas (dzīvību dāvājošai saulei), sarkanas (sarkanai). cilvēki un viņu darbs vienotības un mīlestības labā), balti (par sociālo taisnīgumu un harmoniju) un zaļie (par zemi un dabisko vidi).
