Moldova pasludināja neatkarību Pirmā pasaules kara laikā. Dažādos iepriekšējos gadsimtos tā bija Moldovas, Krievijas, Osmaņu impērijas un Rumānijas sastāvdaļa, un tās simboli ir iegūti no vēsturiskām un kultūras saiknēm ar Moldāviju un Rumāniju. Tās karogs 1917. gada decembrī bija tradicionālais Rumānijas trīskrāsu zils, dzeltens un sarkans horizontālā formātā. Centrā bija auroha galva, izmiris Eiropas vērsis. Šis karogs uzlidoja tikai īsi, jo Moldova 1988. gada aprīlī tika iekļauta Rumānijā. 1940. gadā Padomju Savienība ieguva Moldovu, un pēc vācu un rumāņu okupācijas līdz 1944. gadam Moldovas Padomju Sociālistiskā Republika tika atjaunota. Tā atšķirīgais karogs, kas pieņemts 1952. gadā, caur padomju Sarkanā reklāmkaroga centru pievienoja zaļu horizontālu svītru. Tika teikts, ka Grīna iestājas par vīnkopību un citām lauksaimniecības darbībām šajā apgabalā.
Līdz 1989. gadam Moldovā bija spēcīga aģitācija pret komunistu valdību, un zili dzelteni sarkanais Rumānijas trīskrāsains krāsa kļuva par populāru simbolu. 1990. gada maijā tas oficiāli nomainīja komunistu karogu. Jaunais Moldovas ģerbonis, kura pamatā ir tradicionālie zīmējumi, tika pievienots tā paša gada 3. novembrī: uz ērgļa krūtīm ir vairogs ar auroha galvu, ko ieskauj pusmēness, zvaigzne un zieds. Tradicionālais Rumānijas Valačijas apgabala simbols, ērglis talpās un olīvu zarā ir knābā un krustā. Vairoga sarkanā, zilā un zelta krāsa atspoguļo valsts trīskrāsu. Pēc Moldovas neatkarības atjaunošanas 1991. gadā karogs palika oficiāls.
