Āfrikas Gvinejas un Kaboverdes neatkarības partija (PAIGC) šajās Portugāles kolonijās atrada gatavu atbalstu tās vēstījumam par politisko revolūciju par sociālu un ekonomisku progresu. 1961. gadā tā pieņēma karogu, kas bija nedaudz līdzīgs kaimiņos esošo Gvinejas un Ganas neatkarīgo valstu karogiem, kuri toreiz apsprieda Rietumāfrikas zemju turpmāko federāciju. Gvinejas-Bisavas atbrīvošanas kustība Āfrikas sarkanā, dzeltenīgi zaļā krāsā uz pacēlāja svītras pievienoja melnu zvaigzni. Šī josla un zvaigzne ģeogrāfiski atbilda rietumu piekrastes reģionam ar tās galvaspilsētu Bisavu (no kuras tika iegūts nacionālais nosaukums). Horizontālās svītras atlikušajā karoga daļā un to dzeltenā un zaļā krāsa aptuveni atbilda ziemeļdaļas savannām un dienvidu mežiem.
Oficiāli tika teikts, ka melnā zvaigzne ir PAIGC vadības simbols, tās krāsa norāda uz Āfrikas tautu un viņu apņēmību dzīvot cieņā, brīvībā un mierā. Dzeltens tika interpretēts kā ražas simbols un darba augļi gan lauksaimniecībā, gan citur. Grīns atgādināja plašos džungļus un lauksaimniecības zemes, kas lielākajai daļai pilsoņu nodrošināja iztiku. Partijas karodziņā tika iekļauti arī iniciāļi PAIGC, kas tika izlaisti, kad 1973. gada 24. septembrī tika pasludināta neatkarība. Portugāle neatzina Gvinejas-Bisavas karogu vai tās karogu tikai pēc pašas revolūcijas 1974. gadā; tomēr lielu daļu Gvinejas-Bisavas jau kontrolēja PAIGC un tās karogs. Kaboverde galu galā atteicās no PAIGC marksistiskās politikas un mainīja valsts karogu, bet Gvineja-Bisava saglabā sākotnējo dizainu.
