Francūži sagrāba nelielu piekrastes teritoriju pie ieejas Sarkanajā jūrā 19. gadsimta beigās notikušajā “afērā uz Āfriku”. Tajā laikā vienīgais vietējais vēsturiskais karogs bija bijušā Tajouras sultāna vienkāršais sarkanais karodziņš.
Piekrastes zonas nosaukums, pirms tas tika mainīts uz Afars un Issas teritoriju Francijā, bija Francijas Somālija. Mainīgo politisko apstākļu dēļ 20. gadsimtā apgabals kļuva neatkarīgs kā jauna valsts, kas ieguva tās galvaspilsētas Džibuti vārdu. Tāpat kā daudzās citās zemēs, politiskās partijas karogs galu galā tika pielāgots, lai kļūtu par jauno valsts karogu. Pašreizējā karoga pamatā ir dizains, kuru izmantoja Somālijas piekrastes Atbrīvošanas fronte, organizācija, kas ir saistīta ar Āfrikas Tautas līgu neatkarībai. To oficiāli pacēla 1977. gada 27. jūnijā, kad tika sasniegta neatkarība.
Džibutija ir daudznacionāla valsts, kā tas atspoguļots karoga noformējumā. Issa ir Somālijas apakšgrupa, turpretī attālie jeb Danakil ir saistīti ar cilvēkiem, kuri dzīvo pāri robežai Etiopijā; abi ir musulmaņi. Afar krāsa ir zaļa, labklājības simbolika. Issa krāsa ir gaiši zila, tā simbolizē jūru un debesis un attiecas uz kaimiņos esošās Somālijas valsts karoga fona krāsu. Turklāt Džibutijas karogā ir trīsstūris, kas apzīmē vienlīdzību, tā baltā krāsa simbolizē mieru. Tam ir zvaigzne vienotībai, sarkanā krāsā - neatkarībai.
