Bosnija ar jauktu etnisko iedzīvotāju skaitu nekad nav izstrādājusi atšķirīgus nacionālos simbolus. Piemēram, komunistu vadītajā Dienvidslāvijā no 1946. līdz 1991. – 1992. Gadam Bosnijas un Hercegovinas Sociālistiskā Republika kantonā vienkārši izmantoja sarkanu karodziņu ar nelielu Dienvidslāvijas valsts karoga versiju. Laikā, kad 1992. gada 3. martā tika pasludināta neatkarība, nepastāvēja neviens karogs, kas būtu pieņemams valsts bosniešiem, serbiem un horvātiem. Tāpēc Bosnijas valdība, kurā dominēja Bosnija un Hercegovina, pieņēma to, ko tā cerēja uz neitrālu simbolu no tālas pagātnes. Tas izvēlējās karaļa Stjepana Tomaša (valdīja 1443. – 61. Gads) izmantoto ģerboni, ko tas attiecināja uz lielāko viduslaiku Bosnijas valdnieku Tvrtko I (1377–91). Šis zilais vairogs ar balto diagonālo svītru, kas atdala sešus zelta krāsas fleurs, tika novietots balta karoga centrā. Mākslinieciskā pārsūtīšana, kuru oficiāli pieņēma 1992. gada 4. maijā, izveidoja Zvonimirs Bebeks.
Šo karogu noraidīja daudzi horvāti un serbi, kad tauta ieslīdēja pilsoņu karā. Miera līgumos, kas 1995. gada beigās tika parakstīti Deitonā, Ohaio štatā, ASV, tika atzīts valsts sadalījums starp Serbu Republiku un Bosnijas un Hercegovinas federāciju, ko bieži sauc par Horvātijas un musulmaņu federāciju. Katrai valstij bija savi simboli, un horvāti turpināja lietot Horvātijas karogu, nevis federācijas karogu, bet republikas 1992. gada karogs joprojām tika atzīts starptautiski.
1995. gada līgumi aicināja izveidot karodziņu, kas aizstātu 1992. gada dizainu, taču valsts likumdevējs šajā sakarā bija neefektīvs. Tādējādi Apvienoto Nāciju Organizācija izveidoja jaunu karogu (1998. gada 4. februāris), kuru nevarēja simboliski saistīt ar vienu etnisku, reliģisku vai politisku grupu.
