Klasifikācija pēc “dabiskām rakstzīmēm”
Laneuss neuzskatīja seksuālo sistēmu par savu galveno ieguldījumu “botānikas reformācijā”, uz kuru viņš tiecās. Viņa galvenais ieguldījums bija bukleta Fundamenta Botanica (1736; “Botānikas pamati”) formā, kurā tika formulēti principi un noteikumi, kas jāievēro, klasificējot un nosaucot augus.
1735. gadā Linnaeus tikās ar Boerhaave, kurš iepazīstināja Linnaeus ar Džordžu Kliffordu, vietējo angļu tirgotāju un baņķieri, kam bija cieša saikne ar Nīderlandes Austrumindijas uzņēmumu. Pārsteigts par Linnaeus zināšanām, Klifords piedāvāja Linnaeus kā sava botāniskā dārza kuratora amatu. Linnaeus pieņēma nostāju un izmantoja šo iespēju, lai atsevišķās publikācijās izvērstu atsevišķas Fundamenta Botanica nodaļas: Bibliotheca Botanica (1736; “Botānikas bibliotēka”); Critica Botanica (1737; “A Critique of Botany”) par botānisko nomenklatūru; un klases Plantarum (1738; “Augu klases”). Viņš izmantoja šajās grāmatās noteikto teorētisko ietvaru vēl divās citās publikācijās: Hortus Cliffortianus (1737), Klifforda kolekcijā esošo sugu katalogs; un Genera Plantarum (1737; “Augu ģints”), kas pārveidoja un atjaunināja to augu ģinšu definīcijas, kuras pirmo reizi piedāvāja Tournefort.
Genee Plantarum Linnaeus uzskatīja par savu vainagojošo taksonomijas sasniegumu. Pretstatā iepriekšējiem citu botāniķu mēģinājumiem pēc vispārīgas definīcijas, kas notika pēc patvaļīgas dalīšanas, Genera Plantarum iepazīstināja ar sistēmu, kas balstījās uz to, ko Linnaeus sauca par ģinšu “dabiskajām zīmēm” - visu ziedu un augļu daļu morfoloģiskajiem aprakstiem. Pretstatā sistēmām, kuru pamatā ir patvaļīga dalīšana (ieskaitot viņa seksuālo sistēmu), uz dabiskām rakstzīmēm balstīta sistēma varētu uzņemt arvien vairāk jaunu sugu - kurām bieži ir atšķirīgas morfoloģiskās iezīmes -, kuras Eiropā ieplūst no aizjūras tirdzniecības vietām un kolonijām.
Linnaeus atšķirība starp mākslīgo un dabisko organismu klasifikāciju tomēr izvirzīja jautājumu par mehānismu, kas ļāva organismiem nonākt dabiskā hierarhijā. Viņš varēja atbildēt uz šo jautājumu tikai attiecībā uz sugām: sugas, pēc Linnaeus domām, pēc formas bija līdzīgas, jo tās bija cēlušās no tā paša vecāku pāra, kuru pasaules sākumā radījis Dievs. Daudziem viņa laikabiedriem bija līdzīga sugas koncepcija. Viena no šādām ievērojamām personībām bija franču dabaszinātnieks Georges-Louis Leclerc de Buffon, kurš tajā laikā bija iesaistījies līdzīgā visaptverošā dabas vēstures projektā, lai gan Buffon apšaubīja dabisko ģinšu, pasūtījumu vai klašu esamību. Linnaeus mēģināja izskaidrot šo dalījumu esamību hibridizācijas kontekstā; tomēr uz jautājumu par dabiskajām hierarhijām nevarētu saņemt apmierinošu atbildi, kamēr angļu naturālists Čārlzs Darvins līdzību izskaidroja savā cilmes izcelsmē (1859).
